Die alte Stadt lag ursprünglich dort, wo sich heute Stará Břeclav  befindet. Dort stand auch die St. Martin-Kirche, die während der Hussitenkriege (1424, 1426 und 1428) niedergebrannt wurde. Die meisten katholischen Bewohner wurden vertrieben und der Rest übersiedelte nach Süden, wahrscheinlich dorthin, wo sich heute das Stadtzentrum befindet. Vermutlich auf dem heutigen St. Wenzels Platz hat man mit dem Bau einer neuen Kirche begonnen, wobei man auch das Material der alten Kirche verwendete. 1490 war der romanische Kirchenbau beendet.
Der romanischen Kirche folgte eine gotische. 1733 wurde laut einem Dokument des Olmützer Konsistoriums die Kirche in einem sehr schlechten Zustand befunden und man begann mit Verhandlungen über einen neuen Kirchenbau. 1736 wurde unter Fürst Josef Wenzel I. von Liechtenstein das Presbyterium (der Altarraum) errichtet und mit dem Material der alten Kirche der barocke Bau 1756 fertig gestellt.
Keine 200 Jahre später, am 20. November 1944, wurde die Kirche bei einem Luftangriff englischer und amerikanischer Verbände völlig zerstört. Daraufhin wurden die Ruinenreste beseitigt und die Geschichte der Wenzelskirche schien scheinbar für immer beendet.
Drei Jahre nach der „samtenen Revolution” Ende 1989, begann man am 1. September 1992 mit dem Bau der St. Wenzels Kirche an jenem Platz, wo einst die Barock-Kirche stand.
Die neue St. Wenzels Kirche ist 44,5 m lang, 27 m breit, das Kirchenschiff 12,7 m und die beiden Türme 41,5 m hoch.
Ihre Einweihung am 10. September 1995 durch den Brünner Bischof Msgr. Vojtěch Cikrle wurde zum Höhepunkt einer mehr als fünfzig Jahre dauernden Bemühung der Lundenburger Pfarrgemeinde um den Wiederaufbau ihrer Kirche und bedeutete das ersehnte Ende der provisorischen Bedingungen, unter denen die Gottesdienste bis zu diesem Zeitpunkt in der "St. Cyrillus und Methodius Kapelle" abgehalten wurden. Gleichzeitig hat dieser moderne Monumentalbau das letzte würdevolle Glied der Kette des "Rosenkranzes" geschaffen, der von allen Kirchen gebildet wird, die in Lundenburgs Hauptplatzmitte offensichtlich bereits seit der Mitte des 13. Jahrhunderts gestanden sind.

Das Projekt stand unter der Leitung des Brünner Malers Ludvík Kolek, der sich seit Jahren schon mit Sakralbauten beschäftigt, wobei diese Kirche bereits sein zweites Projekt in der Lundenburger Region nach der im Jahre 1994 fertig gestellten Pfarrkirche von Auspitz [Hustopeče] darstellt. Die Innenausstattung entstand in Zusammenarbeit mehrerer bildender Künstler unter der Leitung des akademischen Bildhauers Karel Stádník, der unter anderem auch für den Kreuzweg an den Seitenwänden des Kirchenschiffes zuständig war. Bei der Außenansicht ist die Durchsicht zwischen den Türmen zur Glockenaufhängung sehr beeindruckend. Die größte Glocke wiegt 752 kg, heißt Santa Maria Bassanella und ist eine Spende gläubiger Christen aus Soave in Norditalien, die Glocke "Hl. Josef" wiegt 311 kg und wurde von der Lundenburger Pfarrgemeinde gestiftet. Beide Glocken wurden von der Firma Josef Tkadlec in Halenkov gegossen. Die 615 kg wiegende Glocke "Heiliger Wenzel" wurde vom Ehepaar Dohnal aus den USA gestiftet und stammt aus der Glockengießerei von Marie Tomášková - Dytrychová in Brodek u Přerova. In den Kellerräumen der Kirche sind freigelegte Fundamentteile der ursprünglichen romanischen Kirche zugänglich, wobei hier auch die ständige Ausstellung besichtigt werden kann, welche die einzelnen Zeitabschnitte der Lundenburger Kirche von der Romanik bis in die Gegenwart hinein dokumentiert.

Patronatsfest Hl. Wenzel (Wenzeslaus, Václav) am 28. September