1631 beruft Kardinal Franz v. Dietrichstein, aufgrund seiner persönlichen Bekanntschaft mit Josef v. Calasanz, die Piaristen nach Nikolsburg, die hier ihren ersten Konvent und das erste Gymnasium nördlich der Alpen errichteten, (bis ins 18.Jh. auch Sitz des Provinzials für Böhmen und Mähren). Zu diesem Zweck erhielten sie das ehemalige Spital mit dem Friedhof und dem Johanniskirchlein, unterhalb der Komenského, welche die beiden Südstraßen am Viehmarkt verbindet, am sog. Töpfermarkt gelegen, 1658 bekamen sie auch den Meierhof zu den 2 Grundlehen. 1666 erfolgte der erste Kirchenumbau und ab 1746 der große Umbau durch Casparus Oswald (einem Piaristen Laienbruder, der sich schon bei 19 Bauwerken als Baumeister bewährt hatte). Dabei wurde durch Halbsäulen und ein flaches Gewölbe, bei gleichzeitiger Vergrößerung des Presbyteriums mit Ovalkuppel und Änderung der Orientierung der heutige Kirchenraum geschaffen.
Besonders beachtenswert an diesem spätbarocken Juwel ist die Innengestaltung durch berühmte Künstler.
Vor allem der „letzte große Freskant des Abendlandes“ Franz Anton Maulpertsch, den die Kunstgeschichte an 59 Orten nachweist, schuf hier ein Deckenfresko aus dem Leben Johannes d. T. von der Geburt bis zur Enthauptung, ferner die Seitenaltarbilder „Hl. Josef v. Calasanz“,„Sterbender Hl. Josef“ und „Himmelfahrt Johannes v. Nepomuk“.
Das Hauptaltarbild „Taufe Christi“ und die Seitenaltarbilder: „Hl. Philipp Neri“ und „Maria Himmelfahrt“ stammen von Felix Ivo Leicher (aus Schlesien) und von Paul Troger (1759 –1762 Direktor der Wr. Akademie, auch als Freskant von 50 Freskenzyklen bekannt) stammt der reiche Figurenschmuck: „Hl. Elisabeth, Hl. Zacharias, Hl. Johannes d. T., Hl. Johannes d. Evangelist und Hl. Josef“. Nachdem bereits 1731 der Meierhof neu gebaut wurde,
konnte auch 1746 der Ausbau des Gymnasiums erfolgen, welches nach der Übernahme in die staatliche Verwaltung 1873, auch noch 1887 eine Erweiterung erhielt.
Ab 1784 wurde die Kirche zweite Pfarre der Stadt. In der an die Kirche angebauten ehemaligen „Totenbruderschafts-Kapelle“ befindet sich das Taufbecken mit einem Wandrelief von Andreas Schweigel.

Die Nikolsburger Piaristen als Schulorden für breite Bevölkerungsschichten legten sehr früh auch Gewicht auf Mathematik und lehrten ergänzend Geographie und Geschichte, im Gegensatz zu den Jesuiten, die in erster Linie die Heranbildung von Geistlichen im Auge hatten. So waren sie auch wesentlich an der Schul- und Lehrplanreform Maria Theresias im Jahre 1777 beteiligt und 1795 an der Errichtung einer deutschen Hauptschule und der Ausbildung von Fachlehrern. Pflege von Musik und Theater, vorwiegend durch die Seminaristen, auch „Lauretaner“ genannt.
Eine umfangreiche Bibliothek und Musik- bzw. Theaterliteratur befindet sich im Landesarchiv. 29 Stiftungen mit 1,2 Mio. Kc Kapital ermöglichten die Vergabe von jährlich 115 Stipendien. Unter den Absolventen finden sich zahlreiche berühmte Namen, wie Jan Ev. Purkyne, die beiden Sonnenfels, 3 Pröpste und Augustinerchorherren von Klosterneuburg (Leeb, Sedlacek, Pauker), Karl Renner, u.v.a.m.