Am 2. Juli 1623 wurde vom Olmützer Bischof Kardinal Franz Xaver von Dietrichstein der Grundstein der Sebastiankirche gelegt.

Nachdem im Jahre 1663 die Kardinalskirche durch die Türken völlig niedergebrannt wurde, errichtete man in den Jahren 1672-1679, mit der Grundrissform eines griechischen (gleicharmigen) Kreuzes, den Zentralbau einer neuen Wallfahrtskirche, in Bügen mit Kufengewölbe und in Kreuzungen des Achteckes mit einer Kuppel, welche im Jahre 1714 auf der Ostseite (hinter dem Hauptaltar) durch eine Sakristei ergänzt wurde.
Im Jahre 1767 kam es zu einem weiteren Brand, nach welchem die Kirche wieder renoviert werden musste. Im Zuge der josephinischen Reformen wurde die Kapelle im Jahre 1786 entweiht. Erst im Jahre 1862 wurde aufgrund eines Impulses von Propst August ein spezielles Komitee gebildet, das mit Sammlungen und Reparaturen begonnen hat. Ein Jahr danach, am 16. August, zum tausendjährigen Jubiläum der Ankunft von St. Cyrill und Method in Mähren, wurde wieder ein Kreuz an der Kirchenkuppel angebracht und in September desselben Jahres die Kirche eingeweiht.
Im Jahre 1913 wurde die Kirche zum letzten Mal von einer Naturkatastrophe heimgesucht, bis sie schließlich im Jahre 1945 dem Kriegsfeuer am Ende des zweiten Weltkrieges unterlag - wobei auch sämtliche Bauten auf dem Gipfel des Heiligen Berges beschädigt wurden.
In der Kirche befindet sich ein Altarbild vom „Hl. Sebastian“ und eine Kreuzabnahme vom Tiroler Maler Josef Blank, in den Seitenaltären der Hl. Karl Boromäus und der Hl. Rochus. Die Orgel stammt von Johann Beck aus Brünn.
Auch aufgrund der ungünstigen Wetterverhältnisse litten Kirche wie auch Glockenturm immer wieder unter zahlreichen Blitzschlägen mit anschließenden Bränden.

Einmal im Jahr, am ersten Sonntag im September ist zur Marien-wallfahrt [Mariánská pouť] die Kirche für Wallfahrer und Besucher geöffnet.